研究テーマ
私たちは, 統計力学・非線形動力学を基礎として, 物理学と生物学や工学などとの学際領域を主として計算物理学的手法によって研究しています. また, 相転移などの統計力学の基本問題およびそれを扱うための計算手法についても研究を行なっています.
現在、研究室メンバーが取り組んでいる研究テーマには以下のようなものがあります.
- 蛋白質の折れたたみ・デザイン・進化
- 生体分子モーターの運動機構
- 大規模生態系の進化
- ニューラルネットワークのダイナミクス、学習
- 交通流の数理モデルと実測データ解析
- アンサンブル概念の拡張とモンテカルロ法の新技法
- 数値繰り込み群の方法
- 古典および量子スピン系の相転移・臨界現象
- 砂丘のダイナミクス
研究成果
- 最近の論文
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- Yoshimi Yoshino, Tobias Galla, Kei Tokita, “Rank abundance relations in evolutionary dynamics of random replicators”, Phys. Rev. E 78, 031924 (2008).
- Fumiko Takagi and Macoto Kikuchi, “Structural Change and Nucleotide Dissociation of Myosin Motor Domain: Dual Go Model Simulation”, Biophys. J. 93(2007) 3820-3827,(also available as BIOFAST).
- Yoshimi Yoshino, Tobias Galla, Kei Tokita, “Statistical mechanics and stability of a model eco-system”, J. Stat. Mech., P09003 (2007).
- Kazuo Sasaki, Ryo Kanada, and Satoshi Amari, “Efficiency of Energy Transduction in a Molecular Chemical Engine”, J. Phys. Soc. Jpn., vol. 76, No.2, p.023003 (published February 13, 2007)
- Kazuki Nakanishi and Macoto Kikuchi, “Thermodynamics of Aggregation of Two Proteins”, .(published May 25,2006)
- Hiroo Kenzaki and Macoto Kikuchi, “Diversity in Free Energy Landscape and Folding Pathway of Proteins with the Same Native Topology”, Chem. Phys. Lett., Volume 427, Issues 4-6 , 31 August 2006, Pages 414-417(available online 14 June 2006)
- Hiroo Kenzaki and Macoto Kikuchi, “Coarse-grained protein model, cooperativity of folding and subdomain structure”, Chem. Phys. Lett., Volume 422, Issues 4-6, 10 May 2006, Pages 429-433(Available online 10 March 2006)
- Kei Tokita, “Statistical mechanics of relative species abundance”, Ecological Informatics, Volume 1, Pages 315-324 (2006).
- プレプリント
過去の研究成果
サーバーメディアセンター年報より.
